國科會南部科學工業園區成立後，國內高科技產業大量引入南台灣， 面對社會轉型與工商業界對於資訊人才之需求，培育資訊專業人才有其必要性。 另外，經濟部工業局在台南市安南區成立台南科技工業區發展半導體、 通訊、光電、資訊、消費性電子等十大新興工業； 而路竹地區亦積極規劃成立智慧型工業區，使得在未來十年內極需高科技人才， 其中資訊工業更是園區重點之一。

本系成立於民國93年8月，第一任系主任為錢炳全老師(93/08-96/07)， 第二、三任為陳榮銘老師(96/08-102/07)， 第四、五任為李建樹老師(102/08-108/07)， 第六任為高啟洲老師(108/08-迄今)。